继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：理查德·阿米蒂奇 米歇尔·基根 阿迪勒·阿赫塔尔 迪诺·费切尔 马库斯·加维 杰德·阿努克 弗雷德里克.索科达 埃米特·斯坎伦 乔安娜·拉姆利 哈蒂·莫拉汉 詹姆斯·诺斯科特 内森·霍尔 娜塔莉·安德森 阿黛尔·莱昂斯 Nicola Achilleas Natalia Kostrzewa Danya Griver 杰姬·诺尔斯 汤姆·佩蒂 Andy James
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演员：大卫·君图力 罗素·霍恩斯比 比茜·图诺克 塞拉斯·威尔·米切尔 萨沙·罗伊茨 雷吉·李 布丽·特纳 杰西卡·塔克 詹姆斯·弗莱恩 布莱恩·泰 麦克·多普德 玛丽·伊丽莎白·马斯特兰托尼奥
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